První zmínky o Lázních Bechyně pocházejí z roku 1576, kdy se neznámý šlechtic v dopise omlouvá tehdejšímu panovníkovi Petru Vokovi z Rožmberka a slibuje, že jeho pozvání k léčení někdy v budoucnu určitě využije.
Dřevěný dům s několika dřevěnými vanami v přízemí a pokojem pro hosty umístěným v prvním poschodí. Do van vedla voda dřevěnými rourami přímo z pramene. Tyto dřevěné lázně se nacházely asi v těch místech, kde je dnešní LD Šárka. Léčebné výsledky musely být dobré, protože zájem o léčení stále vzrůstal.
Lékárník Frey z Jindřichova Hradce na příkaz Štemberků, tehdejších vlastníků, nechal provést rozbor vody z pramenů. Byly prokázány léčébné účinky arseno-litnato-železité vody. Ta se poté využívala nejen ke koupeli, ale i k pití. Po tomto rozboru se staly okolní pozemky lázní zajímavé pro všechny. Roku 1728 je tento rozbor potvrzen také doktorem Janem Jakubem Galhausenem a doporučen pro léčbu dalších 22 nemocí, prameny jsou pojmenovány "Karlův" a "Mariánský".
V roce 1904 přichází do Bechyně pan Emil Schusswohl ze Znojma, inspirován stavbami z Luhačovic a nechává vystavět po jejich vzoru lázeňské domy Šárka a Vojtěška (později přejmenováno na Libuše). Domy se vyznačovaly tzv. hrázděným zdivem. Současně se staví secesní lázeňský dům Božena. Emilu Schusswohlovi se nakonec lázně staly osudnými, když zde 9. 7. 1905 spáchal sebevraždu. Důvodem byly finanční a rodinné problémy. Od roku 1912 přešly lázně do nucené správy města Bechyně.
Roku 1915 byly lázně koupeny Janem Emanuelem Rysem, rodákem z nedalekých Malšic. Ten za první světové války dal lázně k dispozici rakouskému Bílému kříži. Lázně tak byly plně obsazené vysokými rakouskými důstojníky, kteří se zde léčili až do konce války.
Po ukončení první světové války se Jan Rys do Bechyně již nevrátil a lázně prodal Josefu a Františce Krátkým, bývalým majitelům české restaurace v Berlíně. Ti tak kupují lázeňské domy Šárku, Libuši, Boženu a dnes již neexistující vilu Krok společně s pozemky, parkem a přilehlými lesy. Rodina Krátkých nechala v roce 1934 vystavět novou budovu jídelny (nesoucí název Jana) a přistavět nové balneo u Šárky. Novým léčebným prvkem se stává rašelina z Komárovského blata. Prameny zeslábly natolik, že bylo rozhodnuto o jejich zasypání.
Pan hoteliér Josef Krátký dostává odborný posudek o rašelině z balneologického ústavu Karlovy univerzity v Praze, kde se popisuje indikace peloidu včetně správného užívání při léčbě. Peloid se stává vhodným pro léčebné zábaly a koupele, kdy pomocí huminových látek do těla teplem přenáší rozpustné anorganické sloučeniny, které mají léčebný účinek. V době držení lázní rodinou Krátkých zažily lázně dobu největšího rozkvětu a sjížděli se sem pacienti z celé republiky.
Lázně byly až do roku 1945 postaveny mimo provoz. Do té doby byly obydleny dětmi z vystěhovaných škol v okolí Kolína nad Rýnem. Po skončení 2. světové války zde byl zřízen vojenský léčebný ústav pro sovětské vojáky a došlo k uřezání pavlačových balkónů okolo léčebného domu Libuše. V prosinci 1945 jsou lázně opět navráceny rodině Krátkých. Bohužel o tři roky později (1948) byly lázně zestátněny a během příštích devíti let spravovány Národní správou léčebných ústavů, Ústřední národní pojišťovnou nebo Ústřední radou výborů.
Tohoto roku došlo k přejmenování lázní z Libušiných Lázní na Československé státní lázně Třeboň, léčebna Bechyně. Roku 1958 dochází k zavedení celoročního provozu. Zavedením celoročního provozu došlo také k nárůstu pacientů a tím k dokoupení domů Dalibor a Vlasta. Kapacita lůžek tak vzrostla na 220 míst.
Výstavba lázeňského hotelového domu Olga (pojmenován na památku matky bývalých majitelů Evy Märkiové a Ing. Josefa Kratkého) započala v srpnu roku 2001 a po jeho dokončení v květnu roku 2003 se stal centrálním objektem lázní.
